Средняя школа №39 г. Белгорода функционирует
с 1 сентября 1981 года.
15.01.2003 г. переименована в Муниципальное общеобразовательное учреждение – среднюю общеобразовательную школу №39 г. Белгорода.    
18.01.2012 г. переименована в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение – среднюю общеобразовательную школу №39 г.Белгорода.
20.02.2014 г. переименована в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Средняя общеобразовательная школа №39" г.Белгорода.