Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Средняя общеобразовательная школа № 21"  г. Белгорода функционирует с 1 сентября 1963 года. Она вступила в строй как школа новостройка №21 и была восьмилетней. Основной состав педагогического коллектива перешел из средней школы № 10.

     В 1969 году школа получила статус средней общеобразовательной школы.
    В 1971 году школа выпустила первых выпускников. Первым директором школы был Михайлюков Иван Яковлевич. За 50 лет в школе работало несколько директоров: Лебедев Иван Иосифович, Кирилова Евгения Ивановна, Половнев Михаил Павлович, Голец Анатолий Иванович, Лукаш Владимир Иванович, Скрипченко Игорь Михайлович, с 1990 года - Никитинский Андрей Васильевич, с 2010 года - Пищальченко Михаил Иванович, с августа 2015 года - Галкина Марина Аскольдовна.
    На основании приказа городского управления образования № 419 от 14 апреля 2003 года «Об изменении наименования общеобразовательных учреждений» школа именуется: МОУ - общеобразовательная средняя школа № 21 г. Белгорода. Учредитель: администрация города Белгорода в лице городского управления образования.
    На основании распоряжения администрации г. Белгорода от 02 августа 2011г. № 2688 «О создании муниципальных бюджетных учреждений путем изменения типа»  с 12 января 2012 года школа именуется: муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение – средняя общеобразовательная школа №21 города Белгорода.
    В 1986 году к школе было пристроено новое здание, которое  построено по индивидуальному проекту, имеет центральное отопление, водоснабжение, канализацию, актовый зал, спортивный зал, зал хореографии, учебные кабинеты.