МАОУ СОШ №25 с УИОП открылась 1-го сентября 1979 года.

Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение города Калининграда средняя общеобразовательная школа № 25 с углубленным изучением отдельных предметов им. И.В. Грачёва создано путем изменения типа существующего муниципального общеобразовательного учреждения средней общеобразовательной школы № 25 с углубленным изучением отдельных предметов в соответствии с Федеральным законом «Об автономных учреждениях» от 03.11.2006 г. № 174-ФЗ.