Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение города Кургана "Средняя общеобразовательная школа № 5" реорганизовано путем слияния двух муниципальных учреждений и является  правоприемником МБОУ г. Кургана "СОШ № 39" (основано в 1961 году) и  МБОУ "СОШ № 5" (основано в 1988 году).