В 1940 году была открыта неполная средняя школа №39 отдела народного образования
исполнительного комитета Ленинского района Совета депутатов трудящихся.
С 1942 года по 1957 год это была мужская семилетняя школа барачного типа.
Настоящее здание введено в эксплуатацию в 1961 году.
В 1991 году школе был присвоен статус «Средняя общеобразовательная школа № 39»
с углубленным изучением изобразительного искусства.
С 1995 года школа переименована в Муниципальное образовательное учреждение
«Средняя общеобразовательная школа № 39 с углубленным изучением отдельных
предметов».

С 20.12.2011  года  наша школа имеет название — бюджетное общеобразовательное учреждение города Омска «Средняя общеобразовательная школа № 39 с углубленным изучением отдельных предметов»