Средняя общеобразовательная школа № 139 была открыта
1 сентября 1989 года.

• В 1991 школа она была реорганизована в школу-гимназию № 139 Кировского района.
• В 1992 году на её базе была создана школа-гимназия № 139 города Омска.
• В 1998 году школа-гимназия получила новый статус: Муниципальное образовательное учреждение «Гимназия № 139» города Омска.
• В 2011 году Муниципальное образовательное учреждение «Гимназия № 139» города Омска переименовано в бюджетное общеобразовательное учреждение города Омска «Гимназия № 139»