Школа № 12 г. Пятигорска сформирована 1 сентября 1990 года. Она создана на основе преподавательского
коллектива школы № 1, которая имеет более чем 135-летнюю историю. В 2002 году Министерство образования по итогам проведенного конкурса признало школу № 12 одной из лучших в России и внесло информацию о ней в Большую энциклопедию «Лучшие школы России».
В 2008 и 2014 годах школа подтвердила свой высокий статус и была еще дважды отмечена на страницах Большой энциклопедии. За высокие показатели в деле воспитания и образования молодого поколения России школа награждена Серебряным, Рубиновым и Платиновым Орденами «Отличник качества Ставрополья».

За высокое качество образования и воспитания, успешность в руководстве школе присвоено звание «Академическая школа». Школа включена в общероссийскую базу «1000 лучших школ России».

В 2013 году школа вошла в состав 100 лучших школ России и награждена Золотой медалью конкурса.
За многолетнее участие в проекте ASPnet UNESCO школа в 2014 году удостоена звания Ассоциированной школы ЮНЕСКО.