Школа ведет свою историю с 1905 года, как церковно-приходская начальная школа.  С 1910 по 1941 год - мужская гимназия, которая с 1943 по 1948 год была переименована в мужскую среднюю школу № 21, а с 11.05.1948 г. в Среднюю школу № 21, где уже совместно обучались и девочки и мальчики. 01.09.1998 года учащиеся школы начали учебный год в новом здании. C 05.01.2001 г. муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя школа № 21» переименовано в муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 21». С 2003 года в школе в рамках эксперимента была введена предпрофильная подготовка обучающихся 9-х классов и профильное обучение в 10, 11–х классах. Были открыты социально-экономические, гуманитарные, физико-математические и химико-биологические классы. С 01.09.2012 года школа приняла участие в региональной программе эксперимента «Реализация федерального государственного образовательного стандарта  основного общего образования». В 2012 году школе присвоено имя Петра Аркадьевича Столыпина.  С 2018 года школа является автономным общеобразовательным учреждением.