Большую роль в организации и становлении школы сыграла первый директор Марута А.И., заместитель директора Якушева Э.Б.. Ими была проделана огромная работа по формированию коллектива высококвалифицированных педагогов, созданию материально- технической базы.
С 1970-х годов приоритетным стало физико-математическое образование. В организации системы углубленного изучения предметов физико-математического цикла большую роль сыграли талантливые педагоги школы: учителя математики Богоявленская С.С., Никитина Г.Н., Заслуженный учитель РФ Пятых Р.Н., Шадчина Н.П., Кастерова В.В., учителя физики Симахин В.А., Корнеев В.Д. Первоначально углубленное изучение этих предметов осуществлялось за счет факультативных занятий и кружков.
В 1986 г. под руководством директора Ожиговой М.А. школа перешла на систему комплектования специализированных классов с углубленным изучением физики и математики (8-11 кл.) и информатики и вычислительной техники (8-11 кл.). Тогда же началось активное привлечение к работе в этих классах преподавателей ВУЗов г. Томска (ТГУ и ТПУ). Все это позволило школе завоевать авторитет одной из лучших школ города в области физико-математического образования.
С 1994 года в школе также комплектуются классы с углубленным изучением предметов гуманитарного цикла.
В начальной школе с 1993 года активно стали внедряться система развивающего обучения, другие инновационные программы (Школа 2000 (2100), «Гармония» и др.).