Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 31 г. Томска была открыта в 1902 году под названием Петровское приходское училище. После 1917 года Петровское училище стало называться 27-ой трудовой школой. В течение 1920 года школа трижды перенумеровывалась: сначала в 27-ю, затем в 29-ю и, наконец, получила название 9-я Единая Трудовая Советская школа первой ступени с 4-х классным обучением. В начале 20-х годов к деревянному зданию школы была сделана пристройка.

В 1932 году изменились название и номер школы; она стала начальной школой №6. В 1944 году начальная школа №6 была перенумерована в начальную школу № 31.

В 1953 году по соседству со старыми было построено и введено в эксплуатацию новое здание школы. С этого момента начальная школа № 31 получила статус средней полной школы.