Школа открыта 1909 году по решению Томской Городской Думы от 19.06.1906 году в виде двух Владимирских училищ: мужского и женского. С 1927 года это школа № 2. Первый выпуск 10 класса состоялся в 1938 году. Сегодня учредителем школы является МО "Город Томск". Учреждение создано МО "Город Томск" в соответствии            с постановлением администрации Города Томска от 13.12.2012 № 1496 "О создании муниципального автономного общеобразовательного учреждения средней общеобразовательной школы № 2 г. Томска".

От имени МО "Город Томск" функции и полномочия в отношении школы в рамках своей компетенции осуществляют: Мэр Города Томска, Администрация Города Томска, Департамент образования администрации Города Томска, Департамент экономического развития и управления муниципальной собственностью администрации Города Томска.