В 1987 году была основана средняя школа № 29. Возглавил новое учебное заведение Сокуров Г.А. Средняя школа № 29 была построена в 1987 году в центре Октябрьского района города Томска. В 1991 году школа была преобразована в среднюю гуманитарно – эстетическую гимназию № 29, а в 1993 году - в муниципальную гуманитарно – эстетическую гимназию № 29.

В 2001 директором образовательного учреждения была назначена Сорокина Л.М.  С 2021 года гимназия стала называться муниципальным общеобразовательным учреждением гимназией №29 г. Томска.

С августа 2006 года и по настоящее время гимназию возглавляет Шаболина С.В. 19 ноября 2010 года  гимназия стала муниципальным автономным общеобразовательным учреждением гимназией № 29 г.Томска (Постановление администрации Города Томска от 07.10.2010 № 1070).