Муниципальное общеобразовательное учреждение Сибирский лицей г. Томска был открыт в 1994 году посредством реорганизации УНПО "Прогресс" c сохранением преемственности традиции профессиональной подготовки, ориентированной не столько на узкую профессиональную специализацию, сколько на интеллектуальное, духовное и культурное развитие личности учащихся.

У истоков организации МОУ Сибирский лицей г. Томска стояли Деева Лариса Ивановна, Поликарпова Зинаида Терентьевна, Костюкова Татьяна Анатольевна.  

Постановлением администрации Города Томска от 07.10.2010 г. № 1073 создано Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение Сибирский лицей г. Томска (сокращенное наименование - МАОУ Сибирский лицей г. Томска) путем изменения типа существующего муниципального общеобразовательного учреждения Сибирского лицея г. Томска.