Дата создания средней общеобразовательной школы № 54 г. Томска 3 сентября 1968 года. 

Постановлением Главы администрации г. Томска от 13.12.2012 № 1505 «О создании муниципальных образовательных учреждений» создано муниципальное автономное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 54 г. Томска.