5я средняя школа организовывалась из нескольких школ, существовавших в конце 19 века на Воскресенской горе, на бывшей улице Воскресенской, ныне Октябрьской.
В 1896 (не позже 25 апреля) году купцом первой гильдии Ильей Фуксманом была построена еврейская школа.
Школа несколько раз перепрофилировалась, а в 1920 году стала «Единой – трудовой школой». Обучалось в ней 1300 учащихся в 34 классах. Школа располагалась в семи зданиях, представляя из себя целый учебный городок, снабжая всех учащихся бесплатной одеждой, обувью, горячими завтраками, располагала дачами в окрестностях города, в которых имели возможность отдохнуть до 400 учащихся.

• В 1934 году школе присвоено наименование 5 средняя школа города Томска.
• В 1993 году школа переименована в муниципальную полную среднюю общеобразовательную школу №5 г. Томска.
• В 2000 году школа переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу №5 г. Томска.
• В 2011 году школа переименована в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу №5 г. Томска.
• В 2012 году школа переименована в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу №5 г. Томска.
• В 2015 году школа переименована в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение среднюю общеобразовательную школу №5 им. А. К. Ерохина г. Томска.