1 сентября 1973 года введено в эксплуатацию здание средней общеобразовательной школы № 13 города Ульяновска. С 18 июля 1994 года распоряжением мэрии города Ульяновска № 920-р переименована в Муниципальное образовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 13 с углубленным изучением отдельных предметов». С 1 сентября 2007 года ОУ являлось муниципальным общеобразовательным учреждением Гимназией № 13. С июля 2011 года образовательное учреждение стало муниципальным бюджетным общеобразовательным учреждением "Гимназия № 13" г. Ульяновска.