Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение города Калининграда лицей 35 им. Буткова В.В. был открыт 1 сентября 1989 года, как муниципальное общеобразовательное учреждение Ленинградского района городр Калининграда. В 1991 году средняя школа № 35 преобразована в школу-лицей № 35.  В 1994 году школа-лицей №35 преобразована в муниципальное учреждение школу-лицей 35. В 1997 году МОУ школе-лицею 35 присвоено звание «имени генерала Буткова В.В.». В 2011 г. путём изменения типа существующего образовательного учреждения МОУ лицей 35 им. Буткова В.В. преобразован вмуниципальное автономное общеобразовательное учреждение города Калининграда лицей 35 им. Буткова В.В.