Школа № 40 г. Красноярска основана 18 сентября 1935 году. Статус лицея образовательному учреждению был присвоен в 2004 году. В 2007-2008 учебном году в рамках Комплексного проекта модернизации образования через реорганизацию образовательных учреждений лицея № 11 и школы № 29 создано общеобразовательное учреждение Лицей № 11.  Главная задача реорганизации – создание условий для обеспечения доступности и вариативности образования и эффективного распределения ресурса с учетом демографических изменений и гражданского заказа.

С января 2021 года остановлена эксплуатация здания по адресу ул. Академика Вавилова, 37, где обучались школьники 5-11 классов. В результате этого Лицей перешел на двухсменный режим работы в здании, расположенном по адресу ул. Базарная, 172

Закрепленные территории:

ул. Академика Вавилова 23, 23а, 25а, 25б, 27, 27а, 31, 33, 35, 48, 52, 52а, 52б, 54, 54а, 54б, 56б, 56в, 58, 60, 64, 68, 68а, 70, 72 
пер. Вузовский 6д, 14, 16, 17, 18 
пер. Якорный 1, 4, 9, 10, 11, 17а 
пр. им. газ. «Красноярский рабочий» 97, 99, 101, 103а, 103б, 105, 105а, 107, 107а, 109, 109а, 109б, 111, 111а, 111б, 113, 113а 
ул. Семафорная 273, 287, 293, 295, 311, 321, 327, 331, 333, 335а, 341 
ул. Затонская 3, 5, 7, 7а, 7б, 9