Школа № 40 г. Красноярска основана 18 сентября 1935 году. Статус лицея образовательному учреждению был присвоен в 2004 году. В 2007-2008 учебном году в рамках Комплексного проекта модернизации образования через реорганизацию образовательных учреждений лицея № 11 и школы № 29 создано общеобразовательное учреждение Лицей № 11. Главная задача реорганизации – создание условий для обеспечения доступности и вариативности образования и эффективного распределения ресурса с учетом демографических изменений и гражданского заказа.
С января 2021 года остановлена эксплуатация здания по адресу ул. Академика Вавилова, 37, где обучались школьники 5-11 классов. В результате этого Лицей перешел на двухсменный режим работы в здании, расположенном по адресу ул. Базарная, 172
