Пироговская школа создавалась в 1989 году коллективом родителей и учителей при активном участии известного священника
о. Александра Меня как светское учебное заведение.
Основной задачей школы стало образование и воспитание человека, готового к добрым и полезным делам.
В основу концепции школы легли педагогические воззрения Н.И. Пирогова – в честь него она и названа.